Le syndrome reproducteur et respiratoire porcin est une maladie endémique qui entraine des pertes de près de 40 millions de dollars à l’industrie porcine québécoise et constitue la priorité sanitaire numéro 1.


Chez la truie, le virus peut causer de la fièvre, de l’anorexie, des avortements et de la mortalité.









En mise bas, les portées sont inégales et composées de mort-nés, de momifiées et de porcelets faibles. La mortalité entre la naissance et le sevrage est généralement très élevée.


Les animaux en croissance souffrent souvent de problèmes respiratoires importants et ont un taux de mortalité plus élevé.

Une bonne compréhension de l’épidémiologie de cette condition permet de gérer la maladie plus efficacement sur le terrain et ainsi réduire les coûts de production. Les progrès récents en biologie moléculaire ont ouvert la voie au développement d’outils de diagnostic, tels le séquençage, qui sont présentement plus facilement accessibles aux vétérinaires. Le défi consiste maintenant à combiner les données moléculaires et épidémiologiques pour générer un maximum d’information sur la transmission du virus SRRP ce qui permet une meilleure gestion de la maladie au sein des troupeaux et d’une région. C’est dans ce domaine que le LEMP s’implique pour la R & D.

Comme le virus du SRRP mute rapidement, il y a de nombreuses souches en circulation au Québec, ce qui augmente considérablement le risque de contamination des sites porcins. Le virus se transmet de très nombreuses façons et les vaccins commerciaux ne peuvent prévenir l’introduction du virus dans les troupeaux.



Le séquençage du virus est une procédure diagnostique très utilisée pour aider à comprendre la circulation du virus entre les sites porcins. Le LEMP maintient une base de données québécoise contenant plus de 6000 séquences (code génétique) du virus SRRP amassées au cours des 20 dernières années.





Depuis 2014, toutes les séquences SRRP du Québec sont acheminées au LEMP de la FMV suite à la signature d’une entente de partage de données entre les vétérinaires porcins et l’Université de Montréal (Service de Diagnostic et LEMP).





Le LEMP collecte aussi des données démographiques et géographiques des sites porcins d’où proviennent les séquences. La base de données alimente à la fois la recherche et les activités cliniques du LEMP (voir onglet activités cliniques).

Comme le contrôle de la maladie à l’échelle des troupeaux individuels est parfois difficile et les réinfections suite une éradication sont fréquentes, le secteur porcin privilégie maintenant une approche plus collective et vise le contrôle régional de la maladie. Il est donc primordial d’obtenir de l’information pour mieux cerner l’ampleur de la problématique associée au SRRP dans les différentes régions, afin de développer des stratégies de contrôle adaptées, mais qui demeurent cohérentes à l’échelle de la province.

Monitorer les introductions du virus dans les maternités du Québec

Une méthode de détection des nouvelles introductions virales dans les troupeaux à partir des séquences reçues au LEMP a été développée. On a observé des variations entre les différentes régions et années, il est donc important d’assurer une surveillance continuelle au niveau provincial, mais aussi d’obtenir des données d’incidence considérant les changements de la population à risque.

Développer des indicateurs de circulation virale et un système de cartographie régionale

Évaluer le succès des initiatives régionales en cours n’est présentement pas facile (voir activités cliniques). Tout plan stratégique requiert des indicateurs de performance pour mesurer le progrès. Ceux-ci doivent permettre de déterminer l’impact ou les meilleures méthodes pour contrôler le SRRP.


Utilisant les séquences, les statuts SRRP et les données démographiques, plusieurs indicateurs seront développés pour rapporter des informations standardisées à l’industrie. Ceux-ci seront rapportés sous une forme agrégée pour préserver la confidentialité et seront cartographiés à différentes échelles géographiques. En vue d’en faire un système de surveillance continuel, les différentes tâches nécessaires à la production et la diffusion seront automatisées.

Pourquoi classifier?

Une diversité génétique impressionnante a été observée parmi les souches du Québec (1998-2016). Néanmoins, toutes les souches font partie du génotype nord-américain (Type 2), et la plupart font partie de la Lignée 1, décrite par Shi. et al. (2010). Il était donc essentiel de développer un système permettant de classifier les souches pour bien évaluer la diversité observée sur le territoire québécois.

Le LEMP a récemment mis au point et testé une méthode novatrice pour classifier les virus SRRP en différents groupes, de façon à simplifier les analyses et l’interprétation des résultats de séquençage.

L’évaluation de la stabilité des groupes au fil du temps a confirmé l’intérêt de cette méthode pour la surveillance continuelle.

Plus de 30 groupes génétiques majeurs ont été détectés par le système, certains composés de plusieurs sous-groupes.

Des différences régionales importantes dans les souches associées aux introductions du virus dans les maternités ont été notées, démontrant l’intérêt de suivre l’évolution des populations virales dans le temps et dans l’espace.

Pourquoi automatiser?

Les étapes nécessaires au processus global de classification telles que la prise en charge des données, l’analyse par différents logiciels et codes, ainsi que l’archivage des résultats doivent être complètement automatisés et optimisés, condition nécessaire à une classification régulière des séquences de la province.

L’automatisation rendra le processus de classification réalisable plus rapidement et par un seul opérateur spécialisé.

À quoi servira la classification?

Elle permettra aux intervenants de l’industrie de visualiser facilement les différentes familles du virus au Québec ainsi que l’évolution au fil du temps et d’organiser plus efficacement les interventions de contrôle à grande ou petite échelle en fonction des populations virales. Par exemple, les régions ayant des populations virales différentes devraient être gérées séparément. Dans cette optique, le LEMP prévoit :

- Développer des prototypes de rapports
  incorporant les résultats d’analyse des
  groupes de souches qui serviront d’outils
  d’aide à la décision.

- Rapporter et diffuser régulièrement
  l’information produite aux intervenants et
  décideurs de l’industrie.

Plusieurs voies directes et indirectes de transmission du virus SRRP ont été identifiées, mais leur importance relative reste à être établie. Utilisant une approche multidisciplinaire, le LEMP développe actuellement une méthodologie de travail qui combine des données épidémiologiques et moléculaires pour une meilleure compréhension de la transmission du virus.

Le LEMP vise à identifier les voies les plus probables d’introduction du virus dans un élevage. Les probabilités de contact parmi les élevages présentant des souches de virus SRRP similaires seront évaluées pour les diverses voies de transmission possibles, comme par exemple, animaux de même source, employés communs, transmission par voie aérosol, etc. Les résultats permettront de cibler certains facteurs de risque et aider la prise de décision sur le terrain.