Via l'entente de la banque centralisée de l'AVIA, le LEMP reçoit les séquences ORF5 du virus SRRP en provenance de trois laboratoires (CDVUM, Biovet et Demeter). Le LEMP classifie ensuite les séquences en différents groupements génétiques selon une méthode publiée précédemment¹. L’arbre phylogénétique des séquences du Québec ayant servi de point de départ à la classification est illustré à la Figure 1. Au fil du temps, plus de quarante groupements génétiques ont été détectés ainsi qu’une grande quantité de sous-groupes imbriqués dans plusieurs de ces derniers. Les groupements (et sous-groupes) actifs au cours des 8 derniers trimestres sont numérotés (Fig. 1). Ce projet a été financé par le ministère de l’Agriculture, des Pêcheries et de l’Alimentation et les Éleveurs de porcs du Québec.

Figure 1. Arbre phylogénétique des séquences du Québec (1998-2024) avec identification des groupements détectés dans les trimestres de 2023 et 2024.

Un diagramme à bulles illustre les résultats obtenus :

• Chaque ligne représente un groupement génétique identifié.
• Seules les souches dites sauvages sont représentées.
• Les groupements sont nommés séquentiellement, soit au moment où ils ont été détectés.
• Certains groupements se sont divisés au fil du temps. Les sous-groupes sont alors présentés. Ex. 29.24, le sous-groupe 24 du groupe 29.
• Chaque bulle comporte un chiffre, soit le nombre de sites ayant obtenu au moins une séquence d’un groupe donné durant la période de temps. La taille de la bulle varie en fonction du nombre de sites.
• NonCL : séquence non classifiée.
• Une correspondance de certains groupements avec certaines lignées internationales est possible : 29=1H, 14=1L.

Données analysées : 1er avril 2023 – 31 mars 2024.

Figure 1. Nombre de sites avec séquence de chaque groupement génétique pour les 8 derniers trimestres.

Figure 2. Nombre de sites avec séquence de chaque groupement génétique par région administrative pour les 8 derniers trimestres.

Figure 3. Nombre de sites avec séquence de chaque groupement génétique par initiative de contrôle régional pour les 8 derniers trimestres.

¹ Lambert ME, Arsenault J, Audet P, Delisle B, D’Allaire S. (2019). Evaluating an automated clustering approach in a perspective of ongoing surveillance of porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) field strains. Infect Gen Evol. 73, 295–305. Voir l'article en format pdf

Liens vers l'historique des graphiques précédents:
Graphiques pour les données analysées : 1er janvier 2023 – 31 décembre 2024